Adiunkt na Wydziale Wokalno-Aktorskim Akademii Muzycznej im. I. J. Paderewskiego w Poznaniu. Swoje umiejętności wokalne doskonaliła między innymi u Ryszarda Karczykowskiego, Poppy Holden, Jadwigi Rappe, Christiane Hampe i Heleny Łazarskiej. Od wielu lat koncertuje w Polsce i poza jej granicami jako gość licznych międzynarodowych festiwali muzycznych. W 2005 roku zadebiutowała na deskach Komische Oper w Berlinie w partii Donny Anny w operze Don Giovanni W. A. Mozarta.
Koncertując w kraju i za granicą współpracowała z wieloma wybitnymi dyrygentami, m.in.: Christopherem Hogwoodem, Kirillem Petrenko, Markiem Pijarowskim, Grzegorzem Nowakiem, Tadeuszem Wojciechowskim, Łukaszem Borowiczem, Jerzym Salwarowskim, Marcinem Nałęczem-Niesiołowskim, José Maria Florenzio Juniorem, Markiem Toporowskim, Stefanem Stuligroszem, Marcinem Sompolińskim, Jarosławem Lipke, Eugeniuszem Kusem oraz orkiestrami: Concerto Köln, Irish Baroque Orchestra, Czech Virtuosi, Orkiestrami Filharmonii Poznańskiej, Filharmonii Lubelskiej, Filharmonii Kaliskiej, Filharmonii Bałtyckiej, Filharmonii Warmińsko-Mazurskiej, Filharmonii Szczecińskiej, Filharmonii Zielonogórskiej, Filharmonii Wrocławskiej, Polską Orkiestrą Radiową, Orkiestrą Kameralną Polskiego Radia Amadeus, Wrocławską Orkiestrą Barokową, Capella Cracoviensis i orkiestrą Accademia dell’ Arcadia.
Na stałe współpracuje z zielonogórskim zespołem muzyki dawnej Cappella Viridimontana.
Marzena Michałowska jest laureatką II Nagrody (pierwszej nie przyznano) oraz Nagrody Specjalnej za najlepsze wykonanie arii J. S. Bacha w Ogólnopolskim Konkursie Wokalnym w Dusznikach Zdroju (2002). Otrzymała także Wyróżnienie i Nagrodę Specjalną za najlepsze wykonanie pieśni Karola Szymanowskiego podczas Ogólnopolskiego Konkursu Polskiej Pieśni Artystycznej w Warszawie (2003). W maju 2006 roku zdobyła III Nagrodę w Międzynarodowym Konkursie Wokalnym we Vrable (Słowacja).
W dorobku fonograficznym ma 16 albumów płytowych, w tym nagrania dla Polskiego Radia. W 2008 roku płyta Musica Sacromontana z jej udziałem otrzymała statuetkę Fryderyka – prestiżową nagrodę polskiego przemysłu fonograficznego.
