Laureatka konkursów wokalnych krajowych, jak i zagranicznych. Swoje umiejętności wokalne doskonaliła m.in. u Poppy Holden, Jadwigi Rappe, Christine Hampe, Ryszarda Karczykowskiego, Henryki Januszewskiej i Heleny Łazarskiej. W 2005 roku zadebiutowała na scenie berlińskiej Komische Oper w partii Donny Anny w operze „Don Giovanni” W.A. Mozarta pod dyrekcją Kirilla Petrenko. Współpracowała z cenionymi dyrygentami, m.in. z Christopherem Hogwoodem, Stefanem MacLeodem, Jerzym Maksymiukiem, Grzegorzem Nowakiem, Łukaszem Borowiczem, Marcinem Sompolińskim i zespołami: Gli Angeli Geneve, Concerto Palatino, Concerto Köln, Irish Baroque Orchestra, {OH!} – Orkiestra Historyczna, Arte Dei Suonatori, Wrocławska Orkiestra Barokowa, Capella Cracoviensis, Cappella Gedanensis, Polska Orkiestra Radiowa, Orkiestrami Filharmonii: Kaliskiej, Pomorkiej, Poznańskiej, Szczecińskiej, Zielonogórskiej. W dorobku ma 26 albumów płytowych, w tym nominowane i nagradzane nagrodą „Fryderyk”. Występowała m.in. w nowojorskiej Carnegie Hall, czy genewskiej Victoria Hall. W 2019 roku płyta „17TH Century Sacred Music in Wroclaw” zarejestrowana z udziałem artystki otrzymała ICMA International Classical Music Awards. Marzena Michałowska prowadzi także ożywioną działalność pedagogiczną. Piastuje funkcję kierownika Katedry Wokalistyki Akademii Muzycznej im. I.J. Paderewskiego w Poznaniu.