Bartłomiej Stankowiak ukończył podstawową szkołę muzyczną im. G. Bacewicz w Nowej Soli, Państwowe Liceum Muzyczne im. M. Karłowicza w Poznaniu oraz studia w zakresie dyrygentury symfonicznej w Akademii Muzycznej im. I.J. Paderewskiego w Poznaniu. Współpracował m.in. z chórem Sonantes Akademii Ekonomicznej w Poznaniu oraz z orkiestrą barokową Accademia dell’Arcadia. Z zespołem tym dokonał nagrał pięć płyt CD z serii Musica Restituta, trzy płyty z serii Musica claromontana oraz pięciopłytowy album DVD, który w 2008 roku ukazał się w Japonii. W roku 2014 prowadził premierowe przedstawienie jednoaktowej opery Scena w karczmie czyli powrót Janka Oskara Kolberga. W tym samym roku uzyskał stopień doktora habilitowanego. Jest profesorem Uniwersytetu Zielonogórskiego. Pracował jako nauczyciel w szkołach muzycznych w Poznaniu i Zielonej Górze. Współpracuje z Niemiecko-Polską Orkiestrą Młodzieżową. Jest współtwórcą i dyrektorem artystycznym cyklu Magna Opera Sacra oraz dyrygentem Chóru kameralnego Uniwersytetu Zielonogórskiego Cantus humanus. W roku 2026 otrzymał nagrodę Fryderyk w kategorii muzyka oratoryjna i operowa za pierwsze polskie nagranie cyklu Membra Jesu nostri D. Buxtehudego.
